InDesign là sự kế thừa của Adobe PageMaker, được Adobe mua lại khi mua Aldus vào cuối năm 1994. (Freehand, một đối thủ cạnh tranh với Adobe Illustrator và cũng do Aldus sản xuất, đã được bán cho Altsys, nhà sản xuất Fontogograph.) đã mất gần như toàn bộ thị trường chuyên nghiệp cho QuarkXPress 3.3 tương đối giàu tính năng, phát hành năm 1992 và 4.0, phát hành năm 1996. Quark tuyên bố ý định mua lại Adobe  và thoái vốn khỏi công ty kết hợp của PageMaker để tránh chống lại vấn đề niềm tin. Adobe từ chối lời đề nghị Quark và thay vào đó tiếp tục hoạt động trên một ứng dụng bố cục trang mới. Dự án đã được bắt đầu bởi Aldus và có tên mã là "Shuksan". Sau đó, nó được đặt tên mã là "K2" và được phát hành dưới tên InDesign 1.0 vào năm 1999.

Phần mềm InDesign mới ban đầu được ra mắt tại Anh thông qua một loạt các cuộc họp khách sạn quảng cáo. Tiếp thị tập trung vào đề cập đến kiến ​​trúc phần mềm mới - một hạt nhân phần mềm trung tâm nhỏ (khoảng 2Mb) mà các tiện ích bổ sung sẽ được củng cố khi chức năng của chương trình được mở rộng trong các phiên bản sau. Điều này nghe có vẻ ấn tượng. Tuy nhiên, Trình điều khiển máy in PS cho InDesign 1.0 là một ứng dụng bên ngoài có xu hướng gặp phải các vấn đề tham nhũng thường xuyên, đòi hỏi phải đăng ký lại định kỳ của mục này. Các bản sao của InDesign 1.5 thường được cho đi khi nhận thấy rằng một loạt các lỗi phải được sửa chữa. Bởi InDesign 2.0, Trình điều khiển Máy in nóng tính được nhúng trong phần mềm chính. Kiến trúc 'kernel' nổi tiếng không bao giờ được nhắc đến nữa.

InDesign là phần mềm xuất bản máy tính để bàn (DTP) Mac OS X đầu tiên. Trong phiên bản 3 (InDesign CS), nó đã nhận được sự tăng cường trong phân phối bằng cách đi kèm với Photoshop, Illustrator và Acrobat trong Creative Suite.

InDesign xuất tài liệu ở Định dạng Tài liệu Di động của Adobe (PDF) và có hỗ trợ đa ngôn ngữ. Đây là ứng dụng DTP đầu tiên hỗ trợ Unicode để xử lý văn bản, kiểu chữ nâng cao với phông chữ OpenType, tính năng trong suốt nâng cao, kiểu bố cục, căn chỉnh lề quang học và tập lệnh đa nền tảng bằng JavaScript.

Các phiên bản sau của phần mềm đã giới thiệu các định dạng tệp mới. Để hỗ trợ các tính năng mới, đặc biệt là typographic, được giới thiệu với InDesign CS, cả chương trình và định dạng tài liệu của nó đều không tương thích ngược. Thay vào đó, InDesign CS2 đã giới thiệu định dạng INX (.inx), một biểu diễn tài liệu dựa trên XML, để cho phép khả năng tương thích ngược với các phiên bản trong tương lai. Các phiên bản InDesign CS được cập nhật với bản cập nhật 3.1 tháng 4 năm 2005 có thể đọc các tệp được lưu trong InDesign CS2 được xuất sang định dạng.inx. Định dạng InDesign Interchange không hỗ trợ các phiên bản sớm hơn InDesign CS. Với InDesign CS4, Adobe đã thay thế INX bằng Ngôn ngữ đánh dấu InDesign (IDML), một đại diện tài liệu dựa trên XML khác.

Adobe đã làm việc với việc cung cấp tính năng 'Kéo và Thả' và tính năng này đã khả dụng sau năm 2004 nhưng bị hạn chế trong việc bỏ đồ họa và hình ảnh, không phải văn bản. Adobe đã phát triển InDesign CS3 (và Creative Suite 3) dưới dạng phần mềm nhị phân phổ quát tương thích với máy Mac gốc Intel và PowerPC vào năm 2007, hai năm sau lịch trình năm 2005 được công bố, gây bất tiện cho những người dùng Mac dựa trên Intel. Giám đốc điều hành Adobe Bruce Chizen đã tuyên bố rằng "Adobe sẽ là người đầu tiên với một dòng ứng dụng hoàn chỉnh".  Phiên bản Mac CS2 có mã được tích hợp chặt chẽ với kiến ​​trúc PPC và không tương thích với bộ xử lý Intel trong các máy mới của Apple, do đó việc chuyển sản phẩm sang nền tảng khác khó khăn hơn dự đoán. Adobe đã phát triển ứng dụng CS3 tích hợp các sản phẩm Macromedia (2005), thay vì biên dịch lại CS2 và đồng thời phát triển CS3. Đến thời điểm này, 'Kéo và thả' loại đã có sẵn.

InDesign và Leopard

InDesign CS3 ban đầu có vấn đề tương thích nghiêm trọng với Leopard (Mac OS X 10.5), như Adobe đã nói: "InDesign CS3 có thể thoát bất ngờ khi sử dụng các lệnh Place, Save, Save As hoặc Xuất bằng hộp thoại OS hoặc Adobe. không có cách giải quyết cho những vấn đề đã biết này. "  Apple đã sửa lỗi này với bản cập nhật OS X 10.5.4 của họ.

Phiên bản máy chủ

Vào tháng 10 năm 2005, Adobe đã phát hành InDesign Server CS2, phiên bản sửa đổi của InDesign (không có giao diện người dùng) cho các nền tảng máy chủ Windows và Macintosh. Nó không cung cấp bất kỳ ứng dụng chỉnh sửa nào; thay vào đó, nó được các nhà phát triển sử dụng để tạo ra các giải pháp máy chủ của khách hàng với công nghệ trình cắm thêm InDesign.  Vào tháng 3 năm 2007, Adobe chính thức công bố Adobe InDesign CS3 Server như một phần của gia đình Adobe InDesign.